由于雙氧水具有強烈的氧化特性，美國、加拿大、澳洲及新西蘭等地的食物業界，均有使用雙氧水作為漂白劑，加工處理某些食物，例如麫粉、食用油及蛋白。

糧食及農業組織∕世界衛生組織聯合食物添加劑專家委員會曾于一九六五年、一九七三年及一九八零年評估雙氧水的安全問題。委員會認為，人體內腸道細胞的過氧化氫酶可以很快把雙氧水分解，因此攝入小量雙氧水不會有中毒危險。

服食濃度為3%(家用濃度)的雙氧水，一般不會導致嚴重中毒，但可能會引致嘔吐、黏膜受輕微不適，以及灼傷口腔、咽喉、食道和胃部。服食了濃度較高（例如超過10%）的雙氧水，后果則更為嚴重，會灼傷黏膜和腸道黏膜。至于雙氧水會否致癌，國際癌癥研究機構認為，現時沒有足夠證據證明雙氧水會令人類患癌。雙氧水是不穩定的化學物，與食物接觸或烹調后便會分解。

在食物加工時使用的雙氧水，必須是食用雙氧水。在加工食物時，雙氧水的使用分量不應超過能達到有關效果的分量。須采取適當措施，清除殘留在制成品上的雙氧水。